在消化内科门诊中，肠道菌群失调的疾病并不少见。例如抗生素相关性肠炎、伪膜性肠炎，或者溃疡性疾病、克罗恩病等自身免疫性疾病，都与肠道菌群失调有关。临床上，医生常常会开乳酸菌胶囊作为治病的药物之一。“如果不是肠道菌群失调所引起的胃肠道疾病，药用乳酸菌的作用是有限的，只能作为辅助作用。”
促吸收、缓解胃动力不足，乳酸菌办不到
其实，日常多见的胃肠道疾病，例如腹胀、胃胀、消化不良、便秘等，多数情况下与菌群失调的关系不大。据介绍，肠道的吸收主要与消化酶有关，有益菌并没有促进吸收的作用;消化不良多是由于胃动力不足所引起的，适合补充胃动力药。而胃动力主要与神经等器质性的因素有关，更与乳酸菌不相干;便秘主要与饮食结构有关，要通过调整饮食、多喝水、多吃青菜来缓解。
不过，部分肠易激综合征则与菌群失调的关系相对密切。一些肠易激综合征情况是由于菌群失调所引起的，适合用药用乳酸菌进行治疗。但对于并非菌群失调(如胃动力紊乱、精神压力等)所引起的肠易激综合征，药用乳酸菌的作用十分有限。因此，遇到胃肠道疾病，首先得先判别原因，不能盲目用药。
2℃~6℃冷藏，存储条件苛刻
肠道菌群失调在人群中并不少见。长期饮食不均衡、摄入被细菌污染的食物、过量服用抗生素、年龄增长等原因，都有可能导致肠道菌群失调。这是不是意味着作为一种保健品，医用乳酸菌还是有一定存在的价值的?
对此，专家表示否定。且不说患病、身体不健康首先要去医院查明原因，再选择吃药或保健的方式，而药用乳酸菌的保存条件苛刻，也使得乳酸菌类保健品的有效程度受到质疑。药用乳酸菌需要严格保存在2℃~6℃的环境中，一旦在非正确的保存环境，乳酸菌容易失活、无效。因此，不建议消费者轻易将这些乳酸菌保健品作为一种日常养生方式。
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